生物技術專利“序列同一性”困局及出路

本文結合專利審查與司法實踐典型判例，拆解序列同一性困境成因、審查現狀，給出全周期可落地的應對策略，直擊“授權與保護脫節”的行業痛點。

作者：許惠銘 北京藝識代律師事務所

引言

在生物技術專利申請與維權一線，序列同一性正成為橫亙在申請人與審查員之間的核心爭議：申請人希望通過“序列同一性+功能限定”覆蓋功能性變體，獲得合理保護；審查員卻普遍收緊標準，強制將同一性限定為100%。這種“授權易、維權難”的錯位，讓大量專利看似獲權，實則面對第三方規避設計毫無招架之力，淪為市場競爭中無用的“紙老虎”。

本文結合專利審查與司法實踐典型判例，拆解序列同一性困境成因、審查現狀，給出全周期可落地的應對策略，直擊“授權與保護脫節”的行業痛點。

一

問題核心：寬泛序列同一性為何“過不了審、護不住權”？

生物技術領域中，蛋白質類發明的專利保護通常采用“序列同一性”加“功能限定”的方式撰寫權利要求，例如：“一種具有Y功能的蛋白質，其與SEQ ID No.1具有至少60%的序列同一性”，意圖覆蓋天然同源物、人工改造變體，實現寬范圍保護。但在實務中，這類權利要求往往面臨審查不通過、授權擋不住侵權的雙重困境。

（一）審查端：寬泛同一性直接被駁回，被迫縮至100%

實質審查中，“同一性≥60%”這類寬泛限定幾乎難以通過，審查員核心質疑集中于兩點：

• 保護范圍過大，說明書實驗數據無法支撐，不符合專利法第二十六條第四款（權利要求需得到說明書支持）；

• 本領域技術人員無法根據公開信息，合理預測不同同一性比例下的變體均能保留核心功能。

最終結果往往是：申請人被迫將同一性逐級壓縮至95%、98%，甚至100%，才能順利獲得授權。

（二）維權端：100%限定形同虛設，規避設計輕松繞開

即便拿到授權證書，專利保護也極易落空。第三方只需借助常規分子生物學技術，執行兩類簡單修改：

• 在非必需位點做單點/多點突變；

• 在序列N端/C端添加非功能性氨基酸標簽。

修改后的變體保留核心Y功能，但序列同一性略低于授權范圍，完全跳出字面侵權范圍。此時專利權人陷入尷尬：對方實質沿用核心技術，卻因序列不完全一致，侵權訴訟勝訴概率極低。

二

典型判例

案例1：枯草桿菌蛋白酶變體專利無效案（授權審查標桿）

01

案號

(2025)最高法知行終904號

02

案情

涉案專利保護枯草桿菌蛋白酶變體，權利要求1限定與SEQ ID No.1序列同一性≥93%，同時包含S9E、Q206L、L262E三個特定位點取代，要求保護具有蛋白酶活性且在液體洗滌劑中儲存穩定性改善的酶變體；從屬權利要求進一步限定≥95%。

爭議焦點：以“93%序列同一性+功能限定+關鍵位點取代”的組合限定，是否得到說明書支持、保護范圍是否過大。

03

裁判要點

序列同一性并非孤立數字，需結合功能限定+關鍵位點取代+本領域公知常識綜合判斷；

并非所有比例都需要逐一實驗數據，關鍵在于本領域技術人員能否根據公開的結構—功能關系合理預測變體功能；

若同一性比例允許突變位點過多、組合過于龐雜，且無法區分限定突變與其他突變的效果貢獻，則該同一性比例難以得到說明書支持。

04

實務啟示

僅靠寬泛同一性比例易被質疑，同一性+關鍵位點+功能三重限定更易獲得支持；

說明書提前披露保守區、可容忍突變、功能驗證數據，是對抗“得不到說明書支持”的核心證據。

案例2：純白色真姬菇（白玉菇）菌株專利侵權案（維權認定標桿）

01

案號

(2020)最高法知民終1602號

02

案情

專利權人擁有“純白色真姬菇菌株”發明專利（ZL201310030601.2），權利要求以保藏編號限定保護范圍。被訴侵權產品為市售白玉菇，被告主張應當采用全基因組測序比對，不應僅以專利記載的特異性片段進行鑒定。法院采信的鑒定意見：

ITS rDNA序列：二者與斑玉蕈參考序列相似度均達到99.9%，同屬斑玉蕈（白玉菇/真姬菇/蟹味菇）；

專利特異性975bp DNA片段：第1位至第975位完全相同；

形態學：菌蓋、菌褶、菌柄的顏色、形狀、排列等特征基本相同；

結論：二者屬于同種菌株。

03

裁判要點

微生物專利侵權認定，無需全基因組測序；

專利說明書記載的株特異性分子標記（SCAR標記）合法、有效，可作為核心比對依據；

以特異性片段完全一致+形態一致，直接認定落入專利權保護范圍。

04

實務啟示

申請階段在說明書中明確特異性分子標記/保守區段，可大幅降低后續維權舉證難度，避免被不合理要求進行全基因序列比對。

三

授權階段策略：在“穩授權”與“留空間”之間找平衡

面對審查員的嚴格標準，申請人不能被動妥協，可通過提前布局、分層設防、數據論證，既保證獲權，又為后續維權保留空間。

1. 申請階段：說明書明示結構信息，筑牢基礎

原始申請文件中，建議明確披露以下關鍵信息，為變體保護提供支撐：

• 劃分保守區與非保守區：通過序列比對、結構域分析，標注出對功能至關重要的保守區域（如活性中心、結合位點）以及非必需區域；

• 列明可允許突變類型：結合現有技術，說明哪些類型的突變（如末端添加、保守氨基酸替換）通常不會影響蛋白質功能。例如，可以記載“第A位至第B位氨基酸構成活性中心，該區域外的保守性替換通常不會導致功能喪失”或“試驗表明，在N端/C端添加標簽序列不影響蛋白活性”；

上述記載不僅能為后續主張“等同侵權”提供說明書支持，也可在審查階段用于論證“本領域技術人員能夠合理預測變體的功能”。

2. 審查應對：獨立權要求穩，從屬權要求全

當審查員要求限縮同一性時，采用“核心收窄+多層防御”策略：

• 獨立權利要求：適度妥協至100%同一性，確保核心技術方案快速授權；

• 從屬權利要求：完整保留95%、90%、80%等低同一性變體、功能域變體、不同用途與制備方法，為后續復審、無效、侵權認定預留依據。

3. 實驗數據：無數據講邏輯，有數據補關鍵

針對審查員“數據不足”的質疑，分兩種情況應對：

• 無實驗數據：可論述本申請所限定的功能保留變體，并非單純依賴序列同一性比例進行限定，而是基于‘非必需位點突變+功能保留’這一本領域常規技術手段進行限定。本領域技術人員根據本申請公開的結構—功能關系，結合公知常識，即可明確知曉非必需位點的突變不會影響蛋白質Y功能，無需創造性勞動即可合理預測。非必需區域（非活性中心、非結合位點、非保守區域）的常規突變、末端氨基酸添加、保守氨基酸取代，均屬于本領域常規技術手段，不需要每個變體都補充實驗數據，這符合專利法第二十六條第四款的規定；

• 有部分數據：補充關鍵突變體活性數據，證明適度序列變化不影響功能，爭取將同一性維持在95%/98%，避免直接鎖死100%。

四

維權階段策略：善用等同原則，突破字面限制

專利授權之后，若第三方通過非必需位點突變等方式實施規避設計，專利權人不應因序列非100%相同而放棄維權。侵權認定中的“等同原則”這個工具可以考慮援引。

1. 等同原則適用邏輯

依據《最高人民法院關于審理專利糾紛案件適用法律問題的若干規定》，等同特征是指與所記載的技術特征以基本相同的手段，實現基本相同的功能，達到基本相同的效果，并且本領域普通技術人員在被訴侵權行為發生時無需創造性勞動就能夠聯想到的特征。

對于規避設計的變體蛋白，專利權人可重點論證：

• 被控侵權方案的突變位點屬于非必需區域；

• 修改未改變蛋白質的核心功能（也就是Y功能）；

本領域技術人員在被訴侵權行為發生時，無需創造性勞動即可將該變體與專利技術方案建立聯系。

2. 舉證論證要點

在訴訟中，建議圍繞以下方面構建論證體系：

• 說明書內部證據：用申請階段記載的保守區/非保守區劃分、可允許突變說明，支撐等同主張；

• 外部技術證據：借助專家證言、公知技術文獻等，證明被控侵權變體的突變位點確屬非必需區域，且功能未發生實質性改變；

• 聚焦發明實質：強調對方規避設計所利用的正是專利發明所披露的“結構—功能關系”的實質內容，而非真正繞開了技術貢獻。

五

小結：序列同一性之爭，是授權與保護的系統權衡

生物技術專利中，序列同一性權利要求的爭議，本質是“授權確定性”與“保護有效性”的權衡。單一追求寬范圍易被駁回，一味妥協至100%又喪失保護力，唯有全周期布局才能破解困局。

階段

核心策略

申請階段

說明書明確保守區/非保守區，為變體保護打基礎

審查階段

獨立權利要求適度收窄確保授權，從屬權利要求保留變體、用途、方法等多層防線

維權階段

善用“等同原則”，聚焦被控侵權方案是否利用了發明的實質內容

專利保護從來不是“一紙授權書”即可高枕無憂，而是貫穿申請、審查、維權全周期的系統性工程。面對審查員對序列同一性日趨嚴格的審查標準，唯有提前布局、靈活應對、科學論證，方能讓專利從“紙老虎”變成市場競爭的真正屏障。

（本文僅代表作者觀點，不代表知產力立場）

封面來源 | AI