重慶
網站介紹
SwissDock 是由瑞士洛桑大學分子建模組與 SIB 瑞士生物信息學研究所聯合開發的一款免費在線分子對接工具，自 2010 年上線以來始終致力于降低分子對接的使用門檻，讓藥物化學、生物醫學等領域的非計算專家也能輕松預測靶標蛋白與小分子之間的相互作用。
該平臺最初基于 EADock DSS 算法打造（現已發展為 Attracting Cavities 引擎），隨后又集成了經典的 AutoDock Vina，用戶可以根據需要靈活切換這兩種對接算法。通過其簡潔友好的網頁界面，只需上傳蛋白和小分子結構，就能自動完成對接計算并可視化展示分析結果——其中，Attracting Cavities 屬于后起之秀，而 AutoDock Vina 則是久經考驗的經典引擎。
平臺網址
https://www.swissdock.ch/
對接教程
1.打開網站，選擇一種對接算法即可（Attracting Cavities 或 AutoDock Vina）
2.準備配體（化合物）：支持三種輸入方式——① 輸入 SMILES 表達式；② 上傳分子的 mol2 格式文件；③ 在線繪制分子結構。
3.準備蛋白：上傳靶標蛋白的 PDB 文件，或直接輸入 PDB ID 獲取結構。
4.設置對接盒子的大小（定義結合位點搜索空間）
5.檢查對接參數
6.開始對接任務：可在此處填寫郵箱地址，對接完成后系統會發送通知；建議為任務起一個便于識別的名稱
7.任務運行中，等待計算完成
8.對接完成后，在結果表格中點擊相應的對接構象，即可在三維視圖中查看配體的結合姿態（pose），顯示不同的作用力以及蛋白表面
9.趕緊來試試吧！
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