碾壓AlphaFold3！復(fù)旦、上交祭出重磅AI蛋白質(zhì)模型，性能暴漲六倍！

2026年4月11日，一款叫ViraHInter的雙模態(tài)AI模型正式發(fā)布。

該模型由上海人工智能實(shí)驗(yàn)室聯(lián)合復(fù)旦大學(xué)、上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院及上海市病毒研究院共同推出，不用開展?jié)駥?shí)驗(yàn)就能預(yù)判病毒將如何"劫持"人體蛋白的AI模型。

實(shí)測(cè)顯示，ViraHInter比現(xiàn)有最強(qiáng)工具AlphaFold3精度高出4.5倍，比其他模型精度高出6倍。

病毒分子很小，新冠病毒只有約30個(gè)基因。但它能入侵人體、復(fù)制、傳播——靠的是精準(zhǔn)"劫持"我們細(xì)胞里的蛋白質(zhì)。這個(gè)"劫持"過程，靠的就是病毒蛋白與宿主蛋白的相互作用（Virus-Host PPI）。

給定一個(gè)病毒蛋白和一個(gè)宿主蛋白，ViraHInter能告訴我們，它們會(huì)不會(huì)結(jié)合。

快速篩出候選靶點(diǎn)，工作時(shí)間壓縮到幾周

ViraHInter的核心架構(gòu)是雙模態(tài)深度學(xué)習(xí)框架，包含兩大核心分支：

1. 結(jié)構(gòu)生成分支負(fù)責(zé)生成病毒和宿主蛋白質(zhì)的全原子三維復(fù)合物結(jié)構(gòu)，理解病毒與宿主蛋白在空間上如何對(duì)接。

2. 序列表示分支處理氨基酸序列，提取序列層面的進(jìn)化特征——利用蛋白語(yǔ)言模型，識(shí)別病毒在快速變異中仍保留的保守模式。

兩個(gè)分支協(xié)同學(xué)習(xí)，最后融合成一套跨未見病毒的通用化相互作用規(guī)則。

這意味著，即使是一種全新的病毒，只要知道它的蛋白序列，ViraHInter模型就能推斷它可能與哪些宿主蛋白相互作用。

圖：ViraHInter對(duì)病毒蛋白與宿主蛋白的相互作用的驗(yàn)證

研發(fā)抗病毒藥物，第一步是找到病毒的命門。ViraHInter能快速篩出候選靶點(diǎn)，把原本需要數(shù)年的工作壓縮到幾周。全原子三維復(fù)合物結(jié)構(gòu)分子的出現(xiàn)，夸張地說可以直接拿去做藥物研發(fā)。

它發(fā)現(xiàn)一些跨病毒共用的宿主因子 ——這些是病毒復(fù)制的命門。通過攻擊這些病毒復(fù)制的命門，一張藥可能搞定多種流感。

當(dāng)全新病毒出現(xiàn)時(shí)（比如當(dāng)年的新冠），只需知道它的蛋白序列，ViraHInter就能推斷它會(huì)攻擊哪些人體蛋白，為防控爭(zhēng)取時(shí)間。

對(duì)比AlphaFold3有多強(qiáng)

在測(cè)試中，ViraHInter的表現(xiàn)超過了當(dāng)前最強(qiáng)的幾個(gè)模型：面對(duì)病毒-人類蛋白相互作用時(shí)，模型精度高達(dá)0.50，比AlphaFold 3高4.5倍，比其他方法高6倍以上。

序列受控拆分那一列，它模擬的是從未見過的新型病毒。這時(shí)候AlphaFold3只有0.11，ViraHInter拿到了0.50，差距是4.5倍。AlphaFold3 每預(yù)測(cè)10對(duì)互作，約有3-4對(duì)是錯(cuò)的；ViraHInter把這個(gè)錯(cuò)誤率大幅壓低。

該模型在33種不同病毒上驗(yàn)證有效，包括新冠病毒、多種流感病毒等。

圖：ViraHinter 識(shí)別出了保守存在以及各亞型特有的流感病毒-宿主蛋白互作網(wǎng)絡(luò)

ViraHInter分析了多種流感病毒，發(fā)現(xiàn)了33個(gè)跨亞型共享的宿主因子。這些因子是病毒復(fù)制的核心依賴，是廣譜抗病毒藥物的最佳靶點(diǎn)。

病毒變異越來越快，人類應(yīng)對(duì)的工具也在進(jìn)化。

—The End—